The output of damid-seq can be found in the results/ directory.

When run with the test data provided in the GitHub repository (.test/reads), the directory structure will be as follows:

results/
├── bam
│   ├── exp1
│   │   ├── Dam.sorted.bam
│   │   ├── Dam.sorted.bam.bai
│   │   ├── Piwi.sorted.bam
│   │   └── Piwi.sorted.bam.bai
│   ├── exp2
│   │   ├── Dam.sorted.bam
│   │   ├── Dam.sorted.bam.bai
│   │   ├── Piwi.sorted.bam
│   │   └── Piwi.sorted.bam.bai
│   └── exp3
│       ├── Dam.sorted.bam
│       ├── Dam.sorted.bam.bai
│       ├── Piwi.sorted.bam
│       └── Piwi.sorted.bam.bai
├── bedgraph
│   ├── exp1
│   │   ├── Piwi-vs-Dam-norm.gatc.bedgraph
│   │   ├── Piwi-vs-Dam.quantile-norm.gatc.bedgraph
│   │   └── Piwi-vs-Dam.rev_log2.bedgraph
│   ├── exp2
│   │   ├── Piwi-vs-Dam-norm.gatc.bedgraph
│   │   ├── Piwi-vs-Dam.quantile-norm.gatc.bedgraph
│   │   └── Piwi-vs-Dam.rev_log2.bedgraph
│   └── exp3
│       ├── Piwi-vs-Dam-norm.gatc.bedgraph
│       ├── Piwi-vs-Dam.quantile-norm.gatc.bedgraph
│       └── Piwi-vs-Dam.rev_log2.bedgraph
├── bigwig
│   ├── average_bw
│   │   └── Piwi.bw
│   ├── bam2bigwig
│   │   ├── exp1
│   │   │   ├── Dam.bw
│   │   │   └── Piwi.bw
│   │   ├── exp2
│   │   │   ├── Dam.bw
│   │   │   └── Piwi.bw
│   │   └── exp3
│   │       ├── Dam.bw
│   │       └── Piwi.bw
│   ├── exp1
│   │   └── Piwi.bw
│   ├── exp2
│   │   └── Piwi.bw
│   └── exp3
│       └── Piwi.bw
├── bigwig_rev_log2
│   ├── average_bw
│   │   └── Piwi.bw
│   ├── exp1
│   │   └── Piwi.bw
│   ├── exp2
│   │   └── Piwi.bw
│   └── exp3
│       └── Piwi.bw
├── deeptools
│   ├── average_bw_matrix.gz
│   ├── correlation_bam.tab
│   ├── correlation.tab
│   ├── heatmap_matrix.gz
│   ├── PCA_bam.tab
│   ├── PCA.tab
│   ├── scores_per_bin_bam.npz
│   └── scores_per_bin.npz
├── peaks
│   └── fdr0.01
│       ├── consensus_peaks
│       │   ├── enrichment_analysis
│       │   │   └── Piwi.xlsx
│       │   ├── Piwi.annotated.txt
│       │   ├── Piwi.filtered.bed
│       │   ├── Piwi.geneIDs.txt
│       │   └── Piwi.overlap.bed
│       ├── exp1
│       │   ├── Piwi.bed
│       │   ├── Piwi.data
│       │   ├── Piwi.peaks.gff
│       │   └── Piwi.sorted.bed
│       ├── exp2
│       │   ├── Piwi.bed
│       │   ├── Piwi.data
│       │   ├── Piwi.peaks.gff
│       │   └── Piwi.sorted.bed
│       ├── exp3
│       │   ├── Piwi.bed
│       │   ├── Piwi.data
│       │   ├── Piwi.peaks.gff
│       │   └── Piwi.sorted.bed
│       ├── frip.csv
│       └── read_counts
│           ├── exp1
│           │   ├── Piwi.peak.count
│           │   └── Piwi.total.count
│           ├── exp2
│           │   ├── Piwi.peak.count
│           │   └── Piwi.total.count
│           └── exp3
│               ├── Piwi.peak.count
│               └── Piwi.total.count
├── plots
│   ├── heatmap.pdf
│   ├── mapping_rates.pdf
│   ├── PCA_bam.pdf
│   ├── PCA.pdf
│   ├── peaks
│   │   └── fdr0.01
│   │       ├── distance_to_tss.pdf
│   │       ├── enrichment_analysis
│   │       │   └── Piwi
│   │       │       ├── GO_Biological_Process_2018.pdf
│   │       │       ├── GO_Molecular_Function_2018.pdf
│   │       │       └── KEGG_2019.pdf
│   │       ├── feature_distributions.pdf
│   │       └── frip.pdf
│   ├── profile_plot.pdf
│   ├── sample_correlation_bam.pdf
│   ├── sample_correlation.pdf
│   ├── scree_bam.pdf
│   └── scree.pdf
├── qc
│   ├── fastqc
│   │   ├── exp1
│   │   │   ├── Dam_fastqc.zip
│   │   │   ├── Dam.html
│   │   │   ├── Piwi_fastqc.zip
│   │   │   └── Piwi.html
│   │   ├── exp2
│   │   │   ├── Dam_fastqc.zip
│   │   │   ├── Dam.html
│   │   │   ├── Piwi_fastqc.zip
│   │   │   └── Piwi.html
│   │   └── exp3
│   │       ├── Dam_fastqc.zip
│   │       ├── Dam.html
│   │       ├── Piwi_fastqc.zip
│   │       └── Piwi.html
│   └── multiqc
│       ├── multiqc_data
│       │   ├── multiqc_citations.txt
│       │   ├── multiqc_data.json
│       │   ├── multiqc_fastqc.txt
│       │   ├── multiqc_general_stats.txt
│       │   ├── multiqc.log
│       │   ├── multiqc_software_versions.txt
│       │   └── multiqc_sources.txt
│       └── multiqc.html
└── trimmed
    ├── exp1
    │   ├── Dam.fastq.gz_trimming_report.txt
    │   ├── Dam.flag
    │   ├── Piwi.fastq.gz_trimming_report.txt
    │   └── Piwi.flag
    ├── exp2
    │   ├── Dam.fastq.gz_trimming_report.txt
    │   ├── Dam.flag
    │   ├── Piwi.fastq.gz_trimming_report.txt
    │   └── Piwi.flag
    └── exp3
        ├── Dam.fastq.gz_trimming_report.txt
        ├── Dam.flag
        ├── Piwi.fastq.gz_trimming_report.txt
        └── Piwi.flag

50 directories, 118 files

Quality control

FastQC/MultiQC

FastQC is used to do some control check on the trimmed reads.

The output of FastQC is summarized in a MultiQC report (results/qc/multiqc/multiqc.html).

Alignment rates

The Bowtie2 alignment rates are summarised in results/plots/mapping_rates.pdf.

PCA plot of BAM files

A PCA plot of the BAM files is generated to check the consistency of biological replicates. The plot is saved in results/plots/PCA_bam.pdf.

A scree plot is also generated to show the variance explained by each principal component (results/plots/scree_bam.pdf).

Sample correlation heatmap

A correlation (Spearman) heatmap of the BAM files is generated to also check the consistency of biological replicates. The plot is saved in results/plots/sample_correlation_bam.pdf.

Fraction of reads in peaks (FRiP)

The FRiP is calculated for each sample and plotted in results/plots/peaks/frip.pdf, when using the Perl peak calling script, or results/plots/macs2_[broad or narrow]/fdr[value]/frip.pdf.

Visualization of damid-seq data

Profile plot

Using deepTools, a profile plot is generated to show the average coverage of the reads around defined features of the genome (TSS or gene body). The plot is saved in results/plots/profile_plot.pdf.

Heatmap

A heatmap of the coverage of the reads around defined features of the genome (TSS or gene body) is also generated. The plot is saved in results/plots/heatmap.pdf.